Aнглійською Українською
Нові надходження Зв'язок

 


Сайт створено за підтримки
2013 Том 11 № 1


Квантово-хімічне підтвердження гіпотези Вахтерсхаузера про еволюційне походження комплементарних пар основ ДНК

О.О. Броварець

Відділ молекулярної та квантової біофізики
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, 03680, Україна

Науково-навчальний центр «Державна ключова лабораторія молекулярної і клітинної біології»
вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, 03680, Україна

Кафедра молекулярної біології, біотехнології та біофізики
Інститут високих технологій Київського національного університету імені Тараса Шевченка
просп. Академіка Глушкова, 2г, Київ, 03022, Українa

Резюме. Уперше отримано квантово-хімічні докази, що підтверджують гіпотезу про еволюційне походження комплементарних пар основ ДНК. Показано, що воднево-зв’язані пари – еволюційні попередники Вотсон-Криківських пар основ ДНК – є, з одного боку, ізоморфними та ізоелектронними структурами, а з іншого – вони ізоморфні та ізоелектронні Вотсон-Криківським парам. Більше того, усі чотири пари мають близькі динамічні властивості, причому еволюційні аналоги Вотсон-Криківських пар можуть набувати всіх чотирьох конфігурацій, характерних для Вотсон-Криківських пар основ ДНК.

Ключові слова: молекулярна еволюція; гіпотеза про походження пар основ ДНК; ізоморфність; ізоелектронність; квантово-хімічні розрахунки.

Full-text in PDF  


Цинк та наночастинки цинку: біологічна роль і використання в біомедицині

К.І. Богуцька1, Ю.П. Скляров2, Ю.І. Прилуцький1

1 Київський національний університет імені Тараса Шевченка
вул. Володимирська, 64, Київ, 01601, Україна

2 Національний медичний університет імені О.О. Богомольця
бульв. Т. Шевченка, 13, Київ, 01601, Україна

Резюме. Враховуючи нанорозмірність функціональних компонентів живих клітин, застосування нанотехнологій у біомедичних цілях наразі є актуальним завданням. Один з таких напрямів – використання наночастинок, зокрема цинку, для молекулярної діагностики, адресної доставки лікарських засобів, розробки нових фармакологічних препаратів. Представлені дані біологічних властивостей цинку та його сполук, знаходження в організмі та участі у біологічно важливих процесах, що уможливлює практичне використання цих наночастинок у біомедицині. Окремо розглянуто роль іонів цинку у функціонуванні м’язів.

Ключові слова: цинк, наночастинки цинку, функціональні властивості, біомедичне застосування.

Full-text in PDF  


Структура алкільних радикалів при алкілуванні тіотефом

Т.П. Волощук, В.І. Адонін, І.І. Воробйова, А.І. Потопальський

Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
вул. Акад. Заболотного, 150, Київ, 03680, Україна

Резюме. Мета. Визначити оптимальні умови реакцій алкілування (на прикладі аденіну) для отримання ефективних протипухлинних препаратів і встановити їх будову. Для цього використані 2 монофункціональних аналога тіотефа — етиленімін і моноазиридиндиетилфосфат. Методи. ВЕРХ, кислотний гідроліз, УФ-спектроскопія, паперова та тонкошарова хроматографія. Результати. При алкілуванні тіотефом по одному і тому сайту можуть утворюватися до 4 продуктів алкілування з різним ступенем розкриття азиридинових циклів тіотефа і, відповідно, різною протипухлинною активністю. Висновок. Реакції алкілування тіотефом варто проводити в нейтральних або слабо лужних середовищах.

Ключові слова: алкілування, тіотефа, ДНК, основи нуклеїнових кислот.

Full-text in PDF  


Спектрофотометрія супрамолекулярних комплексів тритерпенових глікозидів плюща і солодцю з левоміцетином (хлорамфеніколом)

Л.О. Яковішин, О.М. Корж, О.Д. Дегтяр, А.В. Клименко

Севастопольський національний технічний університет
вул. Університетська, 33, Севастополь, 99053, Україна

Резюме. Методом спектрофотометрії досліджено комплексоутворення левоміцетину (хлорамфеніколу) із тритерпеновими глікозидами α-хедерином (3-О-α-L-рамнопіранозил-(12)-О-α-L-арабінопіранозидом хедерагеніну), хедерасапоніном С (3-О-α-L-рамнопіранозил-(12)-О-α-L-арабінопіранозил-28-О-α-L-рамнопіранозил-(14)-О-β-D-глюкопіранозил-(16)-О-β-D-глюкопіранозидом хедерагеніну) і гліцирамом (моноамонійною сіллю гліциризинової кислоти) у водних розчинах при рН 7,2. Глікозиди утворюють комплекси з левоміцетином складу 1:1. Встановлено константи стійкості комплексів: 4,24·104 М-1 для комплексу левоміцетин-α-хедерин, 2,15·104 М-1 для комплексу левоміцетин–хедерасапонін C та 8,57·104 М-1 для комплексу левоміцетин–гліцирам. Найбільш стійким є комплекс левоміцетину з гліцирамом.

Ключові слова: тритерпенові глікозиди, гліциризинова кислота, гліцирам, α-хедерин, хедерасапонін С, левоміцетин, молекулярний комплекс, спектрофотометрія.

Full-text in PDF  


Молекулярна динаміка білків: класичні силові поля і надійність траєкторій

О.Ю. Нипорко

Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Інститут високих технологій
просп. Академіка Глушкова, 2г, Київ, 03022, Українa

Резюме. Методи обчислювальної молекулярної динаміки (МД) дають змогу розрізняти й оцінювати нюанси структури/поведінки білків, які неможливо зафіксувати інструментальними методами, зокрема, виявляти узгоджені рухи віддалених частин білка і дистантні ефекти амінокислотних замін. Для перевірки надійності цих методичних підходів молекулярна динаміка ряду водорозчинних глобулярних білків була розрахована із застосуванням класичних білок-валідованих силових полів. Низькоенергетичні молекулярні ансамблі, розраховані на основі даних МД, були зіставлені з відповідними ансамблями, отриманими з даних ЯМР-спектроскопії. Високий ступінь кореляції структур ансамблів і рухливості відповідних амінокислотних залишків свідчить про надійність використаних силових полів та відповідність результатів МД інструментальним даним ЯМР.

Ключові слова: просторова структура білків, поведінка білків, молекулярна динаміка, молекулярні ансамблі, ЯМР-спектроскопія, силові поля.

Full-text in PDF  


N-ариламіди триазинобензотіазинових кислот – інгібітори синтезу РНК, антимікробні та антивірусні агенти

О.В. Васильченко1,2, Д.Б. Старосила2, О.А. Тарасов3, М.О. Платонов1,
О.М. Дерябин
3, С.Л. Рибалко2, Л.Г. Пальчиковська1

1 Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, 03680, Україна

2 ДУ «Інститут епідеміології та інфекційних хвороб імені Л.В. Громашевського АМН України»
вул. Амосова, 5, Київ, 03038, Україна

3 Інститут ветеринарної медицини УААН
вул. Донецька, 30, Київ, 03151, Україна

Резюме. Уперше досліджено біологічну активність нових N-ариламідів 8-метилтриазинобензотіазин-6-(ТБТ-6-)- і триазинобензотіазин-8-(ТБТ-8-)карбонових кислот. Сполуки 4, 5, 6, 12 і 13 виявилися ефективними інгібіторами синтезу РНК у межах ІС50 4,9-15,9 µМ. Сполуки 1, 4, 6, 9, 10, 12 показали значну антимікробну активність проти грампозитивних та грамнегативних бактерій у межах МІК 0,97-1,56 µМ, причому базові кислоти 1 і 9 продемонстрували множинний характер активності до обох видів бактерій. N-ариламіди 4, 5, 6, 12, 13 мають виразну активність проти РНК вірусу бичачої діареї в межах ЕС50=1,54-30 µМ. Сполука 5 виявилася найефективнішою з показниками ЕС50=1,54 µМ і SІ>80. Сполуки 4, 6, 12, 13 продемонстрували достатньо ефективну антимікробну й антивірусну дію. За результатами досліджень можна передбачити, що принаймні для N-ариламідів ТБТ-кислот 4, 5, 6, 12 і 13 їх вірогідними мішенями в бактеріях та вірусах є РНК-синтезувальні комплекси.

Ключові слова: N-ариламіди ТБТ-6- і ТБТ-8-карбонових кислот, інгібітори синтезу РНК, антимікробні та антивірусні агенти.

Full-text in PDF  


Новий підхід до синтезу 2,4,5-тризаміщених тіазолів за участі β-дикарбонільних cполук, арилгліоксалів і тіоамідів

Л.Л. Замігайло1, А.О. Вінник2,  О.В. Туров3 , Н.М. Колос2

1 Державна наукова установа «Інститут монокристалів» НАНУ
пр. Леніна, 60, Харків, 61001, Україна

2 Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна
пл. Свободи 4, Харків, 61077, Україна

3 Київський національний університет імені Тараса Шевченка
вул. Володимирська, 64, Київ, 01601, Україна

Резюме. Розроблено швидкий та ефективний однореакторний трикомпонентний метод синтезу 2-R-4-арил-тіазолів, що містять у 5-му положенні фрагмент 4-гідроксикумарину або димедону на основі β-дикарбонільних сполук, гідратів арилгліоксалів і тіоамідів. 2-Аміно-4,5-дизаміщені похідні тіазолу одержано шляхом реакції біс-адуктів на основі СН-кислот та арилгліоксалів із тіосечовинами.

Ключові слова: β-дикарбонільні сполуки, тіазол, однореакторний синтез, тіоамід, тіогідантоїн.

Full-text in PDF  


Валідація in silico методів визначення ліпофільності/розчинності для раціонального дизайну лікарських засобів

М.В. Протопопов1, О.Ю. Нипорко1, В.Г. Бджола2, С.А. Старосила1,
С.М. Ярмолюк
2

1 Київський національний університет імені Тараса Шевченка
вул. Володимирська, 64, Київ, 01033, Україна

2 Інститут молекулярної біології і генетики НАН України
вул. Академіка Заболотного, 150, Київ, 03680, Україна

Резюме. Точність розрахунку значень LogР і LogS є надзвичайно важливою під час розробки лікарських препаратів. Нами проведено валідацію найбільш розповсюджених методів оцінки цих параметрів з метою визначення найбільш точного. Проаналізовано літературу, що висвітлює алгоритми роботи цих методів, розраховано коефіцієнти кореляції між експериментально визначеними і розрахованими значеннями LogР/LogS та похибки обчислень. Встановлено, що найбільш достовірними є методи XLOG2, метод програми JCHEM і OCHEM із коефіцієнтами кореляції 0,93952, 0,91122 та 0,90215 відповідно. Окрім найбільшого коефіцієнта кореляції, метод XLOGP2 має найменші похибки (MAE=0,44695, RMSE=0,8382). За нашими розрахунками, найбільш оптимальними для оцінки значень LogР є методи XLOGP2 та JCHEM.

Ключові слова: LogР, LogS, ліпофільність, правила Ліпінського, ADME/Tox.

Full-text in PDF  
Головна сторінка